A FAMURS foi fundada em 24 de maio de 1976, em Porto Alegre. Sua criação se deve à iniciativa de um grupo de municipalistas e de representantes das 19 Associações Regionais de Municípios existentes, na época. O objetivo era reunir essas Associações em uma entidade estadual, que as representasse e discutisse os assuntos de interesse de todos os municípios gaúchos.
Assim nasceu a Federação. Conforme está previsto em seu estatuto, sua finalidade é associar, integrar e representar as Associações Regionais.
Em 14 de outubro de 1988, pela Lei Municipal 6.206, a FAMURS teve sua atividade decretada como de utilidade pública. Em 16 de março de 1994, por meio da Lei 10.114, foi reconhecida pela Assembleia Legislativa do Estado como a entidade oficial dos Municípios do Rio Grande do Sul.
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